Crisis City é um jogo de ação com elementos de ficção científica. No modo História principal, cada um dos sete personagens tem uma história diferente, embora a missão seja a mesma para todos eles. O jogador deve passar por várias áreas (divididas em sete estágios) enquanto está atento a quaisquer obstáculos e inimigos em seu caminho. Cada personagem tem suas próprias vozes, perceptíveis nas cenas cortadas antes e depois de uma luta contra um chefe.

Além do modo História principal, o jogo apresenta um modo versus, onde você pode lutar contra um segundo jogador dentro de uma arena de batalha, bem como um modo de ataque cronometrado se o jogador quiser colocar em prática suas habilidades de furtividade para completar qualquer um dos níveis em menos tempo.

Inclui um modo desbloqueável chamado Extra, que é o mesmo modo História, mas removendo as cenas cortadas e apresentando novos inimigos mais desafiadores.