Jump Ultimate Stars é praticamente uma versão expandida do jogo original, Jump Super Stars. Ele apresenta a mesma jogabilidade de luta no estilo Super Smash Bros. com uma infinidade de personagens de mangá licenciados, trazendo uma grande variedade de novas franquias e personagens. O elenco foi expandido para mais de 300 personagens de 41 títulos de mangá diferentes. Há também suporte para Nintendo Wi-Fi Connection, tornando possível jogar online globalmente.
De modo geral, o jogo é estruturado da mesma forma que o título anterior. O jogador monta decks compostos pelos três tipos de painéis, que podem ser usados em tempo real com a tela sensível ao toque. Há um modo história, modos versus, vários modos single-player, bem como um modo quiz, arquivos de informações e sinopses de história para cada série. O método para obter novos painéis mudou, no entanto: cada personagem tem uma árvore de progresso e batalhas bem-sucedidas rendem gemas que podem ser gastas para fortalecer diferentes personagens.
A lista completa das séries representadas é: Eyeshield 21, I''s, Ichigo 100%, Katekyo Hitman Reborn!, Captain Tsubasa, Gintama, Kinnikuman, Kochi Kame, Cobra, Sakigake!! Otoko Juku, Jigoku Sensei Nube, Shaman King, Jungle no Tar-chan, JoJo's Bizarre Adventure, Slam Dunk, Saint Seiya, Taizo Mote Ou Saga, D.Gray-man, Death Note, O Príncipe do Tênis, Dr. Luckyman, Dragon Ball, Naruto, Ninku, Hunter x Hunter, Pyuu para Fuku! Jaguar, Buso Renkin, Black Cat, Bleach, Hoshin Engi, Fist of the North Star, Bobobo-bo Bo-bobo, Majin Tantei Nogami Neuro, Midori no Makibao, Muhyo to Rouji no Mahoritsu Soudan Jimusou, Yu-Gi-Oh, Yu Yu Hakusho, Rurouni Kenshin, Rokudenashi Blues e One Piece.
